Wan Zahidi dilahirkan pada 25 Julai 1942 di Kampung Kerunai, Gerik, Perak Darul Ridzuan. Beliau mula mendapat pendidikan di Sekolah Kebangsaan Kampung Kerunai, Gerik, Perak. Kemudian beliau belajar di Maahad Al Ehya Asshariff, Gunung Semanggol, Perak, Maahad Al-Mashoor Al-Islami, Pulau Pinang dan Sekolah Pondok Madrasah Muhammadiah Kubang Bemban, Pasir Mas, Kelantan. Dalam pengajian tinggi pula, beliau melanjutkan pengajian sarjana Muda Syariah di Universiti Al-Azhar, Mesir dan mengambil Diploma Am Pendidikan di Universiti Ain Shams, Mesir. Kemudian, beliau melanjutkan pengajian Sarjana dalam Usul Fiqh di Universiti Al-Azhar sehingga tahun 1974.